Структура та управління закладу

Засновником КЗ "Полтавська спеціальна загальноосвітня школа №39" є Полтавська міська рада.

Уповноважений орган управління: Департамент освіти Полтавської міської ради.

Колегіальний орган управління: педагогічна рада закладу.

Громадське управління здійснює батьківський комітет, головою якої є Яворенко Євгенія Андріївна.